新疆生地所成立于1998年7月7日,由新疆生物土壤沙漠研究所(1961年成立)和新疆地理研究所(1965年成立)合并而成。新疆生地所面向国际干旱区生态与环境领域科技前沿,围绕干旱区自然资源开发、生态修复、环境治理、生物多样性保育和区域可持续发展等重大问题开展研究和试验示范。研究所建有荒漠与绿洲生态国家重点实验室、国家荒漠-绿洲生态建设工程技术研究中心、中国科学院新疆矿产资源研究中心、中国科学院中亚生态与环境研究中心,以及新疆旅游研究院、丝路绿色发展研究中心等研究所内设研究单元。国内建有12个野外观测研究站(其中3个为国家站),在中亚、伊朗和蒙古国建有19个国际联合野外观测研究站;建有院大型仪器区域中心、文献信息中心、新疆自然博物馆等支撑平台。建有“一带一路”国际科学组织联盟荒漠化专题联盟(ANSO-ACD)。新疆生地所现设有地理学、生态学、地质资源与地质工程三个专业一级学科博士研究生培养点;有自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、植物学、生态学、地球探测与信息技术六个二级学科博士研究生培养点;有植物学、生态学、环境科学、资源与环境等十个专业一级(或二级)学科硕士研究生培养点。