沈阳生态所成立于1954年,其前身为中国科学院林业土壤研究所,1987年更为现名,2001年成为国家知识创新工程试点单位。沈阳生态所设有3个研究中心;现有1个国地联合实验室、3个院级实验室、11个省级实验室和专业技术创新中心;研究所在不同地带、不同类型地区建有10个野外站,包括4个国家站(同为CERN站)、3个所级站、3个与国家林草局共建站。研究所建有沈阳树木园,园区占地达135公顷,建有展览温室和实验温室3000平方米;目前园内拥有植物专类区25个,保育植物资源2600余种,珍稀濒危植物61种;现迁地保育原生种植物1194种、本土植物1800余种、国家重点保护野生植物41种;此外,保存IUCN珍稀濒危植物38种、《中国生物多样性红色名录》珍稀濒危植物56种。沈阳生态所现设有生态学、农业资源与环境2个一级学科博士研究生培养点,微生物学、环境科学2个二级学科博士研究生培养点,生态学、农业资源与环境2个一级学科硕士研究生培养点,微生物学、植物学、森林培育、环境科学等4个专业二级学科硕士研究生培养点;并设有生态学、农业资源与环境2个一级学科博士后流动站。