水利部中国科学院水工程生态研究所(原水利部中国科学院水库渔业研究所)成立于1987年,为水利部和中国科学院双重管理的科研事业单位。研究所以水利工程建设生态与环境影响与对策的研究为主攻方向。先后参与了葛洲坝、三峡、南水北调等大型水利工程的生态环境影响论证,涉足7大流域相关水工程生态建设的水生态调查,积累了近10余年来我国内陆水体生态保护状况变化的一手资料。在生态修复理论与应用,珍稀濒危水生物种保护的理论与技术、环境DNA与分子生态学、内陆水体生态状况评价、水工程生态保护的理论与技术等领域具有优势;在高坝集运鱼系统集成、鱼类 增殖放流站建设、鱼类控制育种繁殖等领域拥有核心专利技术。是国内重大涉水工程建设生态保护建设单位的主要技术合作伙伴。建所以来,已完成项目200余项,各类在研项目200余项,其中国家级公益科研类项目20余项。获得省部级等各项奖励47项;申报并获得专利25项。与十多个国家开展学术交流与科技合作,并举办24期水生态讲坛。