指挥中心前身是原武警黄金部队,组建于1979年3月。根据党中央机构改革决策部署,2018年8月,原武警黄金部队集体退出现役,正式移交自然资源部,并入中国地质调查局。转制改革以来,指挥中心坚持以国家战略需求为导向,紧紧围绕服务国家生态文明建设和自然资源管理,服务支撑自然资源部履行“两统一”职能,聚焦新时代地质调查“三个转变”,积极担负党中央赋予的区域基础地质调查、多金属矿产资源勘查、自然资源综合调查、国土空间生态修复、海洋与海岸带地质调查、应用地质调查等六项职能任务,拓展承担全国森林、草原资源调查,自然资源要素综合观测,国土空间生态修复支撑调查等新使命新任务,努力建成一支素质良好、结构合理、装备精良、技术过硬,能够承担国家基础性公益性地质调查任务的专业化队伍,成为服务自然资源管理的重要技术力量。