中国科学院微生物研究所成立于1958年12月3日,由中国科学院应用真菌研究所和中国科学院北京微生物研究室合并而成。目前已发展成为一个具有雄厚研究基础和广泛影响力的微生物学研究和微生物技术研发机构。微生物所设有微生物资源前期开发国家重点实验室、真菌学国家重点实验室、植物基因组学国家重点实验室(与中国科学院遗传与发育生物学研究所共建)、中国科学院微生物生理与代谢工程重点实验室、中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室五个重点实验室。同时设有微生物资源与大数据中心、技术转移转化中心、生物安全与动物实验公共平台、所级公共技术中心等技术支撑平台和一个专业性图书馆。微生物所同时拥有保藏量8万余株的中国普通微生物菌种保藏管理中心(CGMCC)和馆藏55万余号标本的菌物标本馆。微生物所设有生物学和基础医学2个博士后流动站;微生物所现设有生物学、基础医学和药学三个一级学科;七个二级学科专业博士、硕士学位研究生培养点;设有生物与医药专业硕士学位研究生培养点。微生物所与相关学会共同主持编辑出版的学术刊物有《微生物学报》《微生物学通报》《菌物学报》《生物工程学报》及英文刊物mLife、Mycology等。